HOMCOS : 相同複合体の検索・モデリングサーバ

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HOMCOS(HOMology modeling of COmplex Structure) は、PDBに収納されている複合体の立体構造データを利用して、分子の類似性・相同性から、構造未知の分子ペアの構造を予測するためのサーバです。アミノ酸配列や化学構造から、PDB内から複合体の立体構造が解けている他の分子を探索したり、PDB内の構造を鋳型にして複合体立体構造を予測することができます。タンパク質の配列類似性検索にはBLASTを、化合物の構造類似性検索にはKCOMBUを用いています。
サービス クエリ（問い合わせ） 説明
結合分子の検索 タンパク質に対する結合分子の検索 アミノ酸配列 １本のアミノ酸配列をクエリとして、それと類似したタンパク質と結合している分子を検索します
化合物に対する結合タンパク質の検索 化学構造 １つの化合物構造をクエリとして、それと類似した化合物と結合しているタンパク質を検索します
複合体立体構造のモデリング ホモ多量体のモデリング アミノ酸配列 １本のアミノ酸配列をクエリとして、そのホモ多量体の立体構造をホモロジーモデリングによって予測します
ヘテロ多量体のモデリング ２本のアミノ酸配列 ２本のアミノ酸配列をクエリとして、そのヘテロ多量体の立体構造をホモロジーモデリングによって予測します
化合物-タンパク質複合体のモデリング アミノ酸配列と化学構造 １本のアミノ酸配列と１つの化学構造をクエリとして、その複合体の立体構造をホモロジーモデリングによって予測します
[Download HOMCOS data]: Release of PDB:20241106, Release of UniProt:2024_05 Release of KEGG:2022-03-07 [3Dfiles of KEGG_COMPOUND and DRUG]

新型コロナウィルスSARS-CoV-2に関連するタンパク質と化合物のページを作りました!(PDB_UPDATE:20241106)
https://homcos.pdbj.org/cgi-bin/sars_cov_2.cgi?LANG=ja

HOMCOSを利用した変異部位の3D cluster解析

TOGOTVからHOMCOSの紹介動画(https://togotv.dbcls.jp/20220618.html)が公開されました(2022/06/17)

タンパク質の配列類似性検索にはBLASTを、化合物の構造類似性検索にはKCOMBUを用いています。

HOMCOSは、現在、文部科学省の創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業の支援を受け、大阪大学 蛋白研 プロテインデータバンク研究室により開発・維持されています。

このサーバは、奈良先端大で開発されたHOMCOSサーバのアイデアをもとにしています。

HOMCOSサーバのサービスの一部はVaProSサーバから使うことができます。VaProSでは、"3D Interaction"という名称になっています。

参考文献

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