1. タンパク質データベースのID UniProtのIDあるいはAC, INSDC protein_id, RefSeq protein_idを入力することができます。

   database	example
   UniProt ID	CDK3_HUMAN [link]
   UniProt AC	Q00526 [link]
   INSDC protein_id	AAV40830.1 [link]
   RefSeq protein_id	NP_001249.1 [link]

2. 一文字表記のアミノ酸配列 例えば、"GIVEQCCASVCSLYQLENYCN"など。
3. PDB_ID + CHAIN_ID 例えば PDB_ID="2ins" CHAIN_ID="A"など。
4. PDBファイルのアップロード

入力にあたっての注意事項

• HOMCOSでは、タンパク質名、遺伝子名、キーワードなどからタンパク質を検索する機能はありません。そういった文字列検索は、UniProtなどの別のサイトで行い、タンパク質のIDかアミノ酸配列を入手してから、HOMCOSに入力してください。
• Human/Mouse/Ratの配列については、UniProtのIDかACの入力をおすすめします。これらの配列についてのBLAST検索は事前に行い収納してあるため、早く検索結果を提示できます。
• 立体構造をクエリとした場合は、その立体構造を生かした鋳型ベースのドッキングを行うことができます。

一つのクエリタンパク質から、ホモ多量体の立体構造をモデリングするサービスです。サーバは、１本のクエリ配列について、PDBの全タンパク質(unitmol)に対して、配列相同性検索(blastp; Altschul et al., 1997)を実行し、相同なタンパク質のリストを作成します。次に、サブユニットがクエリと相同な多量体の立体構造があるかどうかチェックします。もし、こうした相同な多量体が見つかれば、複合体モデリングの鋳型として使うことができます。

1. タンパク質データベースのID UniProtのIDあるいはAC, INSDC protein_id, RefSeq protein_idを入力することができます。

   database	example
   UniProt ID	CDK3_HUMAN [link]
   UniProt AC	Q00526 [link]
   INSDC protein_id	AAV40830.1 [link]
   RefSeq protein_id	NP_001249.1 [link]

2. 一文字表記のアミノ酸配列 例えば、"GIVEQCCASVCSLYQLENYCN"など。
3. PDB_ID + CHAIN_ID 例えば PDB_ID="2ins" CHAIN_ID="A"など。
4. PDBファイルのアップロード

入力にあたっての注意事項

• HOMCOSでは、タンパク質名、遺伝子名、キーワードなどからタンパク質を検索する機能はありません。そういった文字列検索は、UniProtなどの別のサイトで行い、タンパク質のIDかアミノ酸配列を入手してから、HOMCOSに入力してください。
• Human/Mouse/Ratの配列については、UniProtのIDかACの入力をおすすめします。これらの配列についてのBLAST検索は事前に行い収納してあるため、早く検索結果を提示できます。
• 立体構造をクエリとした場合は、その立体構造を生かした鋳型ベースのドッキングを行うことができます。

以下にP5CR3_HUMANをクエリとして指定した場合の、homo modeling サービスの検索結果を示します。

左端にある3Dのアイコン の一つをクリックすると, 以下のような３Dモデルウィンドウが表示されます。

3Dモデル表示の使い方