HOMCOS : 相同複合体の検索・モデリングサーバ

3Dモデル表示

以下に、「ヘテロ多量体のモデル」のサービスで、CDKL1_HUMANとCCNB1_HUMANを5hq0を鋳型として、モデリングした結果を示します。

• [sequence-replaced 3D model]:"sequence-replaced 3D model"をダウンロードします。 このモデルは、鋳型の残基名と残基番号を、BLASTのアラインメントに従って、クエリ蛋白質の残基名・残基番号に入れ替えただけのモデルです。このモデルは, PDBファイルの文字列を入れ替えるだけなので、全原子のモデリングに比べてはるかに少ない計算時間で作成できます。それでも、残基レベルの解像度で、分子の形を観察するには十分です。もちろん、このモデルは、置換された側鎖や挿入された残基の原子が正しく構築されていないため、ドッキングや分子動力学法には使うことができません。より詳細なモデルを構築したい方のためには、HOMCOSサーバはModellerプログラムを実行するための入力ファイルを提供します。
• [3D template]:鋳型のPDBファイルをダウンロードします。
• [Modeller script]:Modellerプログラムを実行するためのファイルをダウンロードします。実行に必要な、アラインメントファイル、pythonスクリプトファイル、鋳型のPDBファイルの三つをダウンロードできます。Modellerの実行方法については、別項で説明します。
• Window size [small] [medium] [large] :分子表示ウィンドウのサイズを変更します。
• ALL MOLECULES IN THE BIOLOGICAL UNIT[assembly_id:1]:このアイコンをクリックすると、指定したassembly_idの生物学的単位に含まれるすべての分子が含まれるように、画面が更新されます。HOMCOSの検索のページから直接リンクされている3Dモデル表示のページには、たいてい二つの分子しか含まれていません。しかし、それら以外の分子が含まれていることもよくあります。こうした他の分子も同時にみることは、モデル構造の機能を議論するときに重要なことがあります。以下にこのアイコン"ALL MOLECULE"をクリックした場合の例を示します。

• model:モデル番号。チェックボックスをクリックすることで、この分子の表示・非表示を変えることができます。
• mark:この分子を示すアルファベット。この文字は、アラインメントの中で、この分子のコンタクト部位を表示するときに使われます。
• query:クエリのタイプを示します。もし、二つのタンパク質がクエリとして入力された場合は、"A"か"B"が表示されます。 UniProt IDも表示されます。
• asym_id oper (auth_asym_id):この列は、この分子のasym_id, oper_expression, auth_asym_idを示します。
• type:この分子のタイプを示します。もしタンパク質なら, "polymer(polypeptide(L))"となり、アミノ酸の数も表示されます。 低分子化合物の場合、３文字のコードが示されます。
• description:この分子の説明・名前を示します。UniProt IDなども表示されます。
• contact sites::クエリタンパク質のコンタクト部位の、残基番号と残基名。例えば, "a(query A)" の列は、aを鋳型としたクエリタンパク質Aの、各分子とのコンタクト部位を示しています。 39Eのようにボールドで示された部位は、クエリと鋳型で同じアミノ酸の部位であることを示します。"(identity: 25.0 %/46.4 %)"のような二つのパーセントは配列一致率です。最初の値 ("25.0 %")は、コンタクト部位だけで計算した配列一致率、 二つめの値("46.4%")は、タンパク質全体で計算した配列一致率を示します。また、チェックボックスをクリックすることで、コンタクト部位を強調表示することができます。