Contact Molecules for Homologous Proteins
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PID	QueryLength	Homolgous Sequence in PDB	UniProt Query	TITLE
2715	75	24	P0DTC4(VEMP_SARS2)	RecName: Full=Envelope small membrane protein ; Short=E; Short=sM protein ;
QUERYSEQ	MYSFVSEETGTLIVNSVLLFLAFVVFLLVTLAILTALRLCAYCCNIVNVSLVKPSFYVYSRVKNLNSSRVPDLLV

  [n]:site number of query sequence.  [a]:amino acid of query sequence.  [s]:predicted secondary structure.
  [e]:predicted exposed/buried.  [acc]:predicted relative accesssibility(%).  [pdb]:PDB code of homologous structure.
  [contact_mols]:predicted binding molecules  [observed aa]:Observed amino acids among homologous sequences.  [feature table]:UniProt Feature Table
  [variant]:UniProt Human Variant.

n	a	s	e	acc	pdb	contact_mols	observed aa	feature table	variant
1	M	-	-	-	-		M	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
2	Y	-	-	-	-		LY	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
3	S	-	-	-	-		PS	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
4	F	-	-	-	-		F	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
5	V	-	-	-	-		V	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
6	S	-	-	-	-		QSH	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
7	E	-	-	-	-		E	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
8	E		e	98.5	8suz_E		QEDR	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
9	T	H	e	77.3	8suz_E		TI	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
10	G	H	e	26.2	8suz_E		GA	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
11	T	H	e	79.2	8suz_E	homo	TWAL	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
12	L	H	e	86.5	8suz_E	homo	FLYI	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
13	I	H	e	78.4	8suz_E	homo	IV	TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Virion surface" ECO:0000305|PubMed:32898469"
14	V	H	e	68.7	8suz_E	homo	VG	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
15	N	H	e	57.0	8suz_E	homo	NQ	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
16	S	H	e	49.2	8suz_E		FSI	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
17	V	H	e	76.0	8suz_E	homo	FV	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
18	L	H	e	60.1	8suz_E	homo	ILF	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
19	L	H	e	73.0	8suz_E	homo	LF	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
20	F	H	e	58.9	8suz_E	homo	TFVS	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
21	L	H	e	48.3	8suz_E	homo	LV	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
22	A	H	e	49.1	8suz_E		VAS	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
23	F	H	e	48.8	8suz_E		CF	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
24	V	H	e	52.7	8suz_E	homo	VA	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
25	V	H	e	55.3	8suz_E	homo	IV	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
26	F	H	e	65.1	8suz_E	homo	FT	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
27	L	H	e	57.3	8suz_E	homo	L	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
28	L	H	e	69.1	8suz_E	homo	LIV	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
29	V	H	e	60.7	8suz_E	homo	VF	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
30	T	H	e	33.1	8suz_E		CTV	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
31	L	H	e	72.5	8suz_E	homo	LVM	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
32	A	H	e	43.8	8suz_E		A	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
33	I	H	e	77.8	8suz_E	homo	ILFV	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
34	L	H	e	61.8	8suz_E		L	TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469" TRANSMEM /note="Helical" ECO:0000269|PubMed:33177698, ECO:0000305|PubMed:32898469"
35	T	H	e	75.3	8suz_E	homo	TA	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
36	A	T	e	48.2	8suz_E	homo	AT	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
37	L		e	97.8	8suz_E	homo	ILT	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
38	R		e	119.8	8suz_E	homo	RK	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
39	L	-	-	-	-		L	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
40	C	-	-	-	-		C	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
41	A	-	-	-	-		VAI	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
42	Y	-	-	-	-		QY	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
43	C	-	-	-	-		CI	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
44	C	-	-	-	-		CMVA	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
45	N	-	-	-	-		SNGT	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
46	I	-	-	-	-		GIF	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
47	V	-	-	-	-		CVF	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
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49	V	-	-	-	-		TVI	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
50	S	-	-	-	-		LSF	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
51	L	-	-	-	-		LIV	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
52	V	-	-	-	-		VFI	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
53	K	-	-	-	-		KSLQV	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
54	P	-	-	-	-		P	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
55	S	-	-	-	-		AST	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
56	F	-	-	-	-		VFAL	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
57	Y	-	-	-	-		YH	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
58	V	-	-	-	-		VIL	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
59	Y	-	-	-	-		Y	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
60	S	-	-	-	-		NS	TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
61	R	-	-	-	-		RT	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
62	V		e	131.3	7tuq_C	hetero BRD4_HUMAN	GV	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
63	K		e	232.1	7tuq_C	hetero BRD4_HUMAN	RK	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
64	N		e	130.9	7tuq_C	hetero BRD4_HUMAN	NQS	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
65	L	-	-	-	-		LF	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
66	N	-	-	-	-		QNY	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
67	S		e	130.5	7m4r_C		SKDE	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
68	S		e	83.6	7m4r_C		SN	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
69	R	S	e	78.7	7m4r_C	hetero MPP5_HUMAN	RKE	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
70	V	S	e	88.0	7m4r_C	hetero MPP5_HUMAN	PV	REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
71	P		e	83.7	7m4r_C	hetero MPP5_HUMAN AFAD_HUMAN LNX2_HUMAN	P	MUTAGEN /note="P->L: Complete loss of interaction with host PARD3 and MLLT4. Partial loss of interaction with host ZO1." REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" MUTAGEN /note="P->L: Complete loss of interaction with host PARD3 and MLLT4. Partial loss of interaction with host ZO1." REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
72	D		e	96.3	7m4r_C	hetero MPP5_HUMAN AFAD_HUMAN PALS1_HUMAN LNX2_HUMAN	D	MOTIF /note="PDZ-binding; required for interaction with human MPP5" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" MOTIF /note="PDZ-binding; required for interaction with human MPP5" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
73	L		e	89.3	7m4r_C	hetero MPP5_HUMAN AFAD_HUMAN PALS1_HUMAN LNX2_HUMAN	L	MOTIF /note="PDZ-binding; required for interaction with human MPP5" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" MOTIF /note="PDZ-binding; required for interaction with human MPP5" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
74	L		e	84.3	7m4r_C	hetero MPP5_HUMAN AFAD_HUMAN PALS1_HUMAN LNX2_HUMAN	L	MOTIF /note="PDZ-binding; required for interaction with human MPP5" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" MOTIF /note="PDZ-binding; required for interaction with human MPP5" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"
75	V		e	130.0	7m4r_C	hetero MPP5_HUMAN AFAD_HUMAN PALS1_HUMAN LNX2_HUMAN precipitant	V	MOTIF /note="PDZ-binding; required for interaction with human MPP5" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469" MOTIF /note="PDZ-binding; required for interaction with human MPP5" REGION /note="Disordered" TOPO_DOM /note="Intravirion" ECO:0000305|PubMed:32898469"