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１本のアミノ酸配列と１つの化合物構造を入力し、類似した複合体立体構造を鋳型として、化合物ータンパク質複合体の立体構造のモデリングを行います。 アミノ酸配列は、UniProtのID、１文字表記のアミノ酸配列、[PDB_ID]+[鎖識別子]、PDBファイルのアップロードのどれかの方法で入力してください。 化合物は、PDBの３文字表記の入力,SMILES文字列を入力、化合物のファイル(SDF, MOL, MOL2, PDB)のアップロード、の３つのどれかの方法で入力してください。

タンパク質	化合物
タンパク質配列のID (UniProt:ID/AC, RefSeq:protein_id) (ADRB3_HUMAN,NP_000675.1) アミノ酸配列: PDB_ID:(2rh1, 1fin, 4hhb,...) CHAIN_ID:(A, B, ...) PDBファイルのアップロード:	PDBの３文字の化合物コード: (CAU, ATP, G39...) KEGG compound/drug の化合物コード: (D07608, D00002, D01977...) SMILES文字列: CC(NCC(COc1cccc3nc2ccccc2c31)O)C 化合物ファイル(3D)のアップロード: SDF MOL MOL2 PDB JSMEエディタで問い合わせ化合物を描く

注意: アップロードする化合物ファイルは3D構造(妥当な結合長と結合角)を持つ必要があります。 平面的な2D構造ではうまくモデリングできません。

• E-value:
  
• min Nresidue_contact_aligned (minNca)
  
• min Ratio of residue_contact_aligned (minRca) (%)
  
• 事前に計算されたBLASTの結果の使用: (precalc_blt) no yes

• Type of MCS(maximum common substructure):
  Isomorphic Substructure Connected MCS(C-MCS)
  TD-MCS(theta=0) TD-MCS(theta=1) TD-MCS(theta=2)
• Tanimoto similarity:
  0.9 0.8 0.7 0.6 0.5 0.1
  
• Max-number of compound for MCS calculation:
  10 100 500 1000 10000