Protein Model on 5lg6_B_1_M_1 (TEMPLATE: 5lg6 )

CurrentView:HTML5 Change to:[JAVA] DOWNLOAD:
[sequence-replaced 3D model] [for PyMOL]
[3D template]
[Modeller script]

ALL MOLECULES IN THE BIOLOGICAL UNIT:
[assembly_id:2]

Window size :
[small] [medium] [large]

[help]

MOLECULES contact sites
model mark query asym_id oper
(auth_asym_id)		 type description a(query A)
1 a A(AMPN_HUMAN) B 1 (B) polymer(polypeptide(L)) [887 aa] Aminopeptidase N :AMPN_PIG
2 b M 1 (B) non-polymer(NAG) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 102V(I) 128N 183E(Q) 184G 185E (identity: 60.0 %/78.4 %)
ALIGNMENTS
MODEL[1] Protein A "queryA" TEMPLATE:5lg6_B_1 identity=78.4%
queryA        65:LDQSKAWNRYRLPNTLKPDSYRVTLRPYLTPNDRGLYVFKGSSTVRFTCKEATDVIIIHSKKLNYTLSQGHRVVLRGVGGSQPPDIDKTELVEPTEYLVV: 164
                :***** ******* ** **** **********  *** *** * *** * * **************      ******* ** * ** ***** ******:
5lg6_B_1      43:LDQSKPWNRYRLPTTLLPDSYNVTLRPYLTPNADGLYIFKGKSIVRFICQEPTDVIIIHSKKLNYTXXX-XUVVLRGVGDSQVPEIDRTELVELTEYLVV: 141
SecStr          :  TTSGGGSSS  SSEEEEEEEEEEEE  S  SSS  EEEEEEEEEEEESS EEEEEEE  S EE -----  EEEESTT     EEEEEEETTTTEEEE:    
ExpBur          :eeeeeebbeeebeebbebebbebebbbebeeeeeeebbbebebbbebebeeebebbbbbbeebebe-----ebebebeeeeeebeeeeeeebeebbbbbb:    
Contact         :                                     b                         b                                    

queryA       165:HLKGSLVKDSQYEMDSEFEGELADDLAGFYRSEYMEGNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALSNMLPKGPSTPLPEDPNW: 264
                :******     **  *** *************** **** ** **** *  ************* ** ********  ******  *** **** *****:
5lg6_B_1     142:HLKGSLQPGHUYEUESEFQGELADDLAGFYRSEYUEGNVKKVLATTQUQSTDARKSFPCFDEPAUKATFNITLIHPNNLTALSNUPPKGSSTPLAEDPNW: 241
SecStr          :EEEEEE TT EEEEEEEEEEE BSSSSEEEEEEEEETTEEEEEEEEE TTTTGGGTS B   TT  BEEEEEEEEETTSEEEESS BSS  EE SS TTE:    
ExpBur          :bbeeebeeeeebebbbebebebbeebbbbbbbebebeeeeeebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbebebbbbbeeebebbbbbeeeeeeeebeeeeeb:    
Contact         :                  bbb                                                                               

queryA       265:NVTEFHTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPSAIAAGHGDYALNVTGPILNFFAGHYDTPYPLPKSDQIGLPDFNAGAMENWGLVTYRE: 364
                : **** ***  ****** *****  *   * *********** *** *** ************** ** * ********* ******** **********:
5lg6_B_1     242:SVTEFETTPVUSTYLLAYIVSEFQSVNETAQNGVLIRIWARPNAIAEGHGUYALNVTGPILNFFANHYNTSYPLPKSDQIALPDFNAGAUENWGLVTYRE: 341
SecStr          :EEEEB    SB GGG  EEEES EEEEEE TTS EEEEEE HHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTT    SSEEEEEEESS SSSEE  TTEEEEEH:    
ExpBur          :bbbebeebeebbbbbbbbbbbebeeeeeebeeebebebbbbbebbeeebbebbbebbbebbbebbebbebebebebbbbbbbbbbeeebbbbbbbbbbbb:    

queryA       365:NSLLFDPLSSSSSNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTIEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINT: 464
                :* ***** *** ************************  ********************* ********** *  ***** *********** *** * **:
5lg6_B_1     342:NALLFDPQSSSISNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTLAWWNDLWLNEGFASYVEYLGADHAEPTWNLKDLIVPGDVYRVUAVDALASSHPLTTPAEEVNT: 441
SecStr          :HHH   TTT  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTTEEESSGGGTHHHHHHHHHHHHHHHHHHSTTT GGGGHHHHTHHHHHHHHTSTT   SS  GGG  S:    
ExpBur          :bbbbbbeebbbbebebebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbeebbeebebeebbbbebbbebbeebbbeebbebbbeeeebeb:    

queryA       465:PAQISELFDAISYSKGASVLRMLSSFLSEDVFKQGLASYLHTFAYQNTIYLNLWDHLQEAVNNR-SIQLPTTVRDIMNRWTLQMGFPVITVDTSTGTLSQ: 563
                :****** ** ********* * ** ** ** ** ******* ****** ** ** *** **    ** ** *** *  ***** ********* **  **:
5lg6_B_1     442:PAQISEUFDSISYSKGASVIRULSNFLTEDLFKEGLASYLHAFAYQNTTYLDLWEHLQKAVDAQTSIRLPDTVRAIUDRWTLQUGFPVITVDTKTGNISQ: 541
SecStr          :HHHHHHTSSHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHTTEEE HHHHHHHHHHHHHT SS   SS HHHHHHHHHHS S EEEEEETTTTEEEE:    
ExpBur          :eeebebbeeebbebbbbbbbbbbbebbebebbeebbbebbeebeeeebebebbbebbbebbeeeeeeeeeeebeebbbbbbebebbbbbebebeebebeb:    

queryA       564:EHFLLDPDSNVTRPSEFNYVWIVPITSIRDGRQQQDYWLIDV-RAQNDLFSTSGNEWVLLNLNVTGYYRVNYDEENWRKIQTQLQRDHSAIPVINRAQII: 662
                : *****        * * * ***** **  *  *  *** **  ****** *    ***** *****  ***** *** ** ***   * ******** *:
5lg6_B_1     542:KHFLLDXXXXXXXSSAFDYLWIVPISSIKNGVUQDHYWLRDVSQAQNDLFKTASDDWVLLNVNVTGYFQVNYDEDNWRUIQHQLQTNLSVIPVINRAQVI: 641
SecStr          :EE    -------  SSTT   EEE EEETTEE   EEE SSSEEE GGG   TT  EEESGGG SSSEEEE HHHHHHHHHHHHH GGGS HHHHHHHH:    
ExpBur          :ebbeee-------eeeeebebbbbbbbbbeeeebeebbbeeeeeeeeebbebeeeebbbbbbebbbbbbbbbbeebbeebbebbeeebeebeebbbbbbb:    

queryA       663:NDAFNLASAHKVPVTLALNNTLFLIEERQYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLKKQVTPLFIHFRNNTNNWREIPENLMDQYSEVNAISTACS: 762
                : * **** ** ******* *****  *  * ** ********* * ********* * ** *** *** **   * ** * **** ***** ********:
5lg6_B_1     642:YDSFNLATAHUVPVTLALDNTLFLNGEKEYUPWQAALSSLSYFSLUFDRSEVYGPUKKYLRKQVEPLFQHFETLTKNWTERPENLUDQYSEINAISTACS: 741
SecStr          :HHHHHHHHTTSS HHHHHHTTGGGGG   HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTS  SSHHHHHHHHHHHHHHHH:    
ExpBur          :bbbbbbbbbeebebebbbebbebbeebeebbbbebbbebbebbebbbbeeebeebbeebbeebbeebbeebeeebeebeebbeebbebbbbbbbbebbbe:    

queryA       763:NGVPECEEMVSGLFKQWMENPNNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWDFAWEQFRNATLVNEADKLRAALACSKELWILNRYLSYTLNPDLIRKQDATST: 862
                :** * **     ** **   * *********** *********   ***** *   * ********* ***** * * ***** ****************:
5lg6_B_1     742:NGLPQCENLAKTLFDQWUSDPENNPIHPNLRSTIYCNAIAQGGQDQWDFAWGQLQQAQLVNEADKLRSALACSNEVWLLNRYLGYTLNPDLIRKQDATST: 841
SecStr          :TT HHHHHHHHHHHHHHHHSTTS  S HHHHHHHHHHHHHHS HHHHHHHHHHHHH   HHHHHHHHHHGGG S HHHHHHHHHHTT TTTS HHHHHHH:    
ExpBur          :bebeebeebbeebbeebeeeeeeeebebbbbebbbebbbeeebeebbebbbebbeeeebbbbbebbbebbbbbeeeebbeebbeebbeeeebeebbbbeb:    

queryA       863:IISITNNVIGQGLVWDFVQSNWKKLFNDYGGGSFSFSNLIQAVTRRFSTEYELQQLEQFKKDNEETGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLQWF: 962
                :* **  ***** * ************ **     ******* ****** * ********** *   ******************************* **:
5lg6_B_1     842:INSIASNVIGQPLAWDFVQSNWKKLFQDYXXXXXSFSNLIQGVTRRFSSEFELQQLEQFKKNNUDVGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLNWF: 941
SecStr          :HHHHHHSTTTHHHHHHHHHHTHHHHHH  ----- HHHHHHHHHTT  SHHHHHHHHHHHHHTSSS  GGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH:    
ExpBur          :bbebbebeebbebbbebbeeebeebeeeb-----ebeebbebbbebbbeeebbeebeebeeebeeeebeebeebbebbbeebebbbebbeebeeebbebb:    

queryA       963:TENS: 966
                : * *:
5lg6_B_1     942:IEHS: 945
SecStr          :HHH :    
ExpBur          :eeee:

Input Residue Numbers for Focused Sites

ex) 2,15,123