Protein Model on 8jkt_D_1_B_1 (TEMPLATE: 8jkt )

CurrentView:HTML5 Change to:[JAVA] DOWNLOAD:
[sequence-replaced 3D model] [for PyMOL]
[3D template]
[Modeller script]

ALL MOLECULES IN THE BIOLOGICAL UNIT:
[assembly_id:2]

Window size :
[small] [medium] [large]

[help]

MOLECULES contact sites
model mark query asym_id oper
(auth_asym_id)		 type description a(query A)
1 a A(AMPN_HUMAN) D 1 (D) polymer(polypeptide(L)) [900 aa] Aminopeptidase N :AMPN_FELCA
2 b B 1 (B) polymer(polypeptide(L)) [901 aa] Aminopeptidase N :AMPN_FELCA 710D 711R 712S 713E 715Y 716G 720N(R) 806E 836K(N) 838L(V) 839W 842N 843R 870V 874G(T) 878D 881Q 882S 913Y(F) 917Q 920Q 924D(N) (identity: 72.7 %/79.2 %)
ALIGNMENTS
MODEL[1] Protein A "queryA" TEMPLATE:8jkt_D_1 identity=79.2%
queryA        71:WNRYRLPNTLKPDSYRVTLRPYLTPNDRGLYVFKGSSTVRFTCKEATDVIIIHSKKLNYTLSQGHRVVLRGVGGSQP-PDIDKTELVEPTEYLVVHLKGS: 169
                :** **** ** **** **********  ***** *   ******* *   ***** ****  *** * * ****  * * *  ***** ********   :
8jkt_D_1      69:WNVYRLPKTLIPDSYNVTLRPYLTPNNKGLYVFTGTNIVRFTCKESTNIVIIHSKRLNYTSHQGHMVALSGVGGFHPQPVIVRTELVELTEYLVVHLQEP: 168
SecStr          :TTSSS  SSEEEEEEEEEEEE  S  TTS  EEEEEEEEEEEESS  SEEEEE  S EE  BTTBSEEEEETTS SS   EEEEEEETTTTEEEEEESS :    
ExpBur          :eeeeebeebbebebbebebbbebeeeeeeebbbebebebebbbeeebebbbbbbbebebeeeeeebbebebeeeeeeebebeebeebeebbbbbbbbeee:    

queryA       170:LVKDSQYEMDSEFEGELADDLAGFYRSEYMEGNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALSNMLPKGPSTPLPEDPNWNVTEF: 269
                :**   **** *** *****************  * ** *** ***  *************** **** ***  * ******* *** *  *** * ****:
8jkt_D_1     169:LVAGRQYEMNSEFQGELADDLAGFYRSEYMENGVKKVLATTHMQATEARKSFPCFDEPAMKATFNITIIHPNNLVALSNMLPRGPSVPFGEDPTWKVTEF: 268
SecStr          :  TT EEEEEEEEEEE BSSSSEEEEEEEEETTEEEEEEEEE TTTTGGGTS B  STTS BEEEEEEEEETTSEEEESS BSSS EEETTEEEEEEEEB:    
ExpBur          :beeebebebebebebebbeebbbbbbbebebeeeebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbebebbbbbbeebebbbbbeeeeeeeebeeeeebeebeb:    

queryA       270:HTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPSAIAAGHGDYALNVTGPILNFFAGHYDTPYPLPKSDQIGLPDFNAGAMENWGLVTYRENSLLF: 369
                : *** ******* ***** ***  *  *************  ******* ****** **  ******** ***** *******************  ** :
8jkt_D_1     269:ETTPIMSTYLLAYIVSEFSYVETRAPSGVLIRIWARPSAINQGHGDYALKVTGPILDFFSQHYDTPYPLNKSDQIALPDFNAGAMENWGLVTYRESALLY: 368
SecStr          :    SB GGG  EEEE  EEEEEE TT  EEEEEE HHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTT    SSEEEEEEESS SSSEE  TTEEEEEHHHH  :    
ExpBur          :eebbebbbbbbbbbbbebeeeeeebeeebbbbbbbbbebbeeebbebbbebbbebbbbbbebbebebebebbbbbbbbbbbebbbbbbbbbbbbbbbbbb:    

queryA       370:DPLSSSSSNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTIEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINTPAQIS: 469
                :*  **** * ********************* ********************** *********************************************:
8jkt_D_1     369:DRQSSSSGNQERVVTVIAHELAHQWFGNLVTLEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADFAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINTPAQIS: 468
SecStr          : TTTS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTTEEESSGGGTHHHHHHHHHHHHHHHHHH GGG GGGGHHHHTHHHHHHHHTSTT   SS  GGGS SHHHHH:    
ExpBur          :beeebbbebbbebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbeebbeebebeebbbbebbbebbebbbbbbbbbbbbeeeebeebbebb:    

queryA       470:ELFDAISYSKGASVLRMLSSFLSEDVFKQGLASYLHTFAYQNTIYLNLWDHLQEAVNNR-SIQLPTTVRDIMNRWTLQMGFPVITVDTSTGTLSQEHFLL: 568
                :* ** ************** ** ** ** * ******  * ******** ***  *     * ** **  ** ** ************ *** ** ****:
8jkt_D_1     469:EVFDSISYSKGASVLRMLSNFLTEDLFKMGIASYLHTYKYGNTIYLNLWEHLQQVVDKQPTIKLPDTVSAIMDRWILQMGFPVITVDTQTGTISQQHFLL: 568
SecStr          :HTSSHHHHHHHHHHHHHHHHHS HHHHHHHHHHHHHHHTTEEE HHHHHHHHHHHHHH SS   SS HHHHHHHHHTS S EEEEEETTTTEEEEEE  S:    
ExpBur          :bbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbeeebbeebbbebbeeeeeebbebeebbebbbebbeeeeebeeeeebebbbbbbbebbbbbbbebebeebebebebbbb:    

queryA       569:DPDSNVTRPSEFNYVWIVPITSIRDGRQQQDYWLIDV-RAQNDLFSTSGNEWVLLNLNVTGYYRVNYDEENWRKIQTQLQRDHSAIPVINRAQIINDAFN: 667
                :** * ***** *** ***** * * *  *  ***  *  ****** *  * ************ **** *** ******* * * ******** * ****:
8jkt_D_1     569:DPQSVVTRPSQFNYLWIVPISSVRSGSPQAHYWLPGVEKAQNDLFKTTANDWVLLNLNVTGYYLVNYDNENWKKIQTQLQTDLSVIPVINRAQVIHDAFN: 668
SecStr          :STTS   S  TTTT  EEEE EEETTEE   EEEESSSEEE GGG   TT  EEESGGG SS EEEE HHHHHHHHHHHHHHGGGS HHHHHHHHHHHHH:    
ExpBur          :beeeeeebebebebbbbbbbbbbeeeeebeebbbeeeeeeeeebbebeeeebbbbbeebbbbbbbbbbeebbebbbebbeeebeebeebbbbbbbbbbbb:    

queryA       668:LASAHKVPVTLALNNTLFLIEERQYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLKKQVTPLFIHFRNNTNNWREIPENLMDQYSEVNAISTACSNGVPE: 767
                :**** *************** *  **** *********************** ********** **   * **   *  ******* ** ***** ****:
8jkt_D_1     669:LASAQKVPVTLALNNTLFLIQETEYMPWQAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKRYLKKQVTPLFNHFERVTKNWTDHPQTLMDQYSEINAVSTACSYGVPE: 768
SecStr          :HHHTTSS HHHHHHTTGGGGG   HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTS  SSHHHHHHHHHHHHHHHHTT HH:    
ExpBur          :bbbbeebebebbbebbebbeebeebbbbbbbbebbebbebbbbeeebbebbeebbeebbeebbeebeeebeebeebbeebbebbbbebbbebbbebebee:    
Contact         :                                          bbbb bb   b                                               

queryA       768:CEEMVSGLFKQWMENPNNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWDFAWEQFRNATLVNEADKLRAALACSKELWILNRYLSYTLNPDLIRKQDATSTIISIT: 867
                :**     ** **  ** ************************* * ****  * ********* *****   ***** ***** * ****** ***  ** :
8jkt_D_1     769:CEKLAATLFAQWKKNPQNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWNFVWEQFLKAELVNEADKLRGALACSNQVWILNRFLSYTLDPNLIRKQDVTSTLSSIS: 868
SecStr          :HHHHHHHHHHHHHHSTTS  S GGGHHHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHH  SHHHHHHHHHHHTT   HHHHHHHHHHTT TTTS GGGHHHHHHHHH:    
ExpBur          :beebbeebbeebeeeeeeeebebbbbebbbebbbeeeeeeebbbbbebbeeeebbbbbebbbebbbbbeeeebbeebbeebeeeeebebbbbbebbeebb:    
Contact         :                                      b                             b bb  bb                        

queryA       868:NNVIGQGLVWDFVQSNWKKLFNDYGGGSFSFSNLIQAVTRRFSTEYELQQLEQFKKDNEETGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLQWFTENS: 966
                : ** ** ************** *** ******************* ********** *  ***** ************** ******* *** ******:
8jkt_D_1     869:SNVVGQTLVWDFVQSNWKKLFQDYGTGSFSFSNLIQAVTRRFSTEFELQQLEQFKKNNMDTGFGSATRALEQALEKTKANLKWVKENKDVVLRWFTENS: 967
SecStr          :HSTTHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSSHHHHHHHHHHTT  SHHHHHHHHHHHHHTTTT  GGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH :    
ExpBur          :ebeebbebbbebbeeebeebbeebbeebebbbebbebbbebbbeeebbeebeebeeebeeeebbbbebbbebbbbebebbbebbeebeeebeebbeeee:    
Contact         :  b   b   b  bb                              b   b  b   b

Input Residue Numbers for Focused Sites

ex) 2,15,123