Protein Model on 8jkt_C_1 (TEMPLATE: 8jkt )

CurrentView:HTML5 Change to:[JAVA] DOWNLOAD:
[sequence-replaced 3D model] [for PyMOL]
[3D template]
[Modeller script]

ALL MOLECULES IN THE BIOLOGICAL UNIT:
[assembly_id:1]

Window size :
[small] [medium] [large]

[help]

MOLECULES contact sites
model mark query asym_id oper
(auth_asym_id)		 type description
1 a A(AMPN_HUMAN) C 1 (C) polymer(polypeptide(L)) [900 aa] Aminopeptidase N :AMPN_FELCA
ALIGNMENTS
MODEL[1] Protein A "queryA" TEMPLATE:8jkt_C_1 identity=79.2%
queryA        71:WNRYRLPNTLKPDSYRVTLRPYLTPNDRGLYVFKGSSTVRFTCKEATDVIIIHSKKLNYTLSQGHRVVLRGVGGSQP-PDIDKTELVEPTEYLVVHLKGS: 169
                :** **** ** **** **********  ***** *   ******* *   ***** ****  *** * * ****  * * *  ***** ********   :
8jkt_C_1      69:WNVYRLPKTLIPDSYNVTLRPYLTPNNKGLYVFTGTNIVRFTCKESTNIVIIHSKRLNYTSHQGHMVALSGVGGFHPQPVIVRTELVELTEYLVVHLQEP: 168
SecStr          :TTSSS  SSEEEEEEEEEEEE SS  TTS  EEEEEEEEEEEESS  SEEEEE  S EE  BTTBSEEEEEES  SS   EEEEEEETTTTEEEEEESS :    
ExpBur          :eeeeebeebbebebbebebbbebeeeeeeebbbebebebebbbeeebebbbbbbbebebeeeeeebbebebeebeeeeeebeebeebeebbbbbbbbeee:    

queryA       170:LVKDSQYEMDSEFEGELADDLAGFYRSEYMEGNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALSNMLPKGPSTPLPEDPNWNVTEF: 269
                :**   **** *** *****************  * ** *** ***  *************** **** ***  * ******* *** *  *** * ****:
8jkt_C_1     169:LVAGRQYEMNSEFQGELADDLAGFYRSEYMENGVKKVLATTHMQATEARKSFPCFDEPAMKATFNITIIHPNNLVALSNMLPRGPSVPFGEDPTWKVTEF: 268
SecStr          :  TT EEEEEEEEEEE  SSSSEEEEEEEEETTEEEEEEEEE TTTTGGGTS B  STTS BEEEEEEEEETTSEEEESS BSS  EE TT TTEEEEEB:    
ExpBur          :beeeeebebebebebebbeebbbbbbbebeeeeeebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbebbbbbbbbeebebbbbbeeeeeeeebeeeeebeebeb:    

queryA       270:HTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPSAIAAGHGDYALNVTGPILNFFAGHYDTPYPLPKSDQIGLPDFNAGAMENWGLVTYRENSLLF: 369
                : *** ******* ***** ***  *  *************  ******* ****** **  ******** ***** *******************  ** :
8jkt_C_1     269:ETTPIMSTYLLAYIVSEFSYVETRAPSGVLIRIWARPSAINQGHGDYALKVTGPILDFFSQHYDTPYPLNKSDQIALPDFNAGAMENWGLVTYRESALLY: 368
SecStr          :    SB GGG  EEEE  EEEEEE TTS EEEEEE HHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTT    SSEEEEEEESS SSSEE  TTEEEEEHHHH  :    
ExpBur          :eebbebbbbbbbbbbbebeeeeeebeeebbbbbbbbbebbeebbbebbbebbbebbbbbbebbebebebebbbbbbbbbbbebbbbbbbbbbbbbbbbbb:    

queryA       370:DPLSSSSSNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTIEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINTPAQIS: 469
                :*  **** * ********************* ********************** *********************************************:
8jkt_C_1     369:DRQSSSSGNQERVVTVIAHELAHQWFGNLVTLEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADFAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINTPAQIS: 468
SecStr          : TTTS HHHHHHHHHHHHHHHHTTTBTTTEEESSGGGTHHHHHHHHHHHHHHHHHH GGG GGGGHHHHTHHHHHHHHTSTT   SS  GGGS SHHHHH:    
ExpBur          :beeebbbebbbebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbeeebeebebeebbbbebbbebbebbbbbbbbbbbbeeeebebbbebb:    

queryA       470:ELFDAISYSKGASVLRMLSSFLSEDVFKQGLASYLHTFAYQNTIYLNLWDHLQEAVNNR-SIQLPTTVRDIMNRWTLQMGFPVITVDTSTGTLSQEHFLL: 568
                :* ** ************** ** ** ** * ******  * ******** ***  *     * ** **  ** ** ************ *** ** ****:
8jkt_C_1     469:EVFDSISYSKGASVLRMLSNFLTEDLFKMGIASYLHTYKYGNTIYLNLWEHLQQVVDKQPTIKLPDTVSAIMDRWILQMGFPVITVDTQTGTISQQHFLL: 568
SecStr          :HTSSHHHHHHHHHHHHHHHHHS HHHHHHHHHHHHHHHTTEEE HHHHHHHHHHHHHT SS   SS HHHHHHHHHSS S EEEEEETTTTEEEEEE  S:    
ExpBur          :bbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbebebbeebbbebbeebeeebbeeeebbebbbebbeebeeeebeeebeebbebbbebbbbbbbebebeebebbbebbbb:    

queryA       569:DPDSNVTRPSEFNYVWIVPITSIRDGRQQQDYWLIDV-RAQNDLFSTSGNEWVLLNLNVTGYYRVNYDEENWRKIQTQLQRDHSAIPVINRAQIINDAFN: 667
                :** * ***** *** ***** * * *  *  ***  *  ****** *  * ************ **** *** ******* * * ******** * ****:
8jkt_C_1     569:DPQSVVTRPSQFNYLWIVPISSVRSGSPQAHYWLPGVEKAQNDLFKTTANDWVLLNLNVTGYYLVNYDNENWKKIQTQLQTDLSVIPVINRAQVIHDAFN: 668
SecStr          :STT    S  TT S   EEE EEETTEE   EEE SSSEEE GGG   TT  EEESGGG SS EEEE HHHHHHHHHHHHHHGGGS HHHHHHHHHHHHH:    
ExpBur          :beebeeebebebebebbbbbbbbeeeeeeeebbbeeeeeeeeebbebeeeebbbbbbebbbbbbbbbbeebbebbbebbeeebeebeebbbbbbbbbbbb:    

queryA       668:LASAHKVPVTLALNNTLFLIEERQYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLKKQVTPLFIHFRNNTNNWREIPENLMDQYSEVNAISTACSNGVPE: 767
                :**** *************** *  **** *********************** ********** **   * **   *  ******* ** ***** ****:
8jkt_C_1     669:LASAQKVPVTLALNNTLFLIQETEYMPWQAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKRYLKKQVTPLFNHFERVTKNWTDHPQTLMDQYSEINAVSTACSYGVPE: 768
SecStr          :HHHTTSS HHHHHHTTGGGGG   HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTS  SSHHHHHHHHHHHHHHHHTT HH:    
ExpBur          :bbbbeebebebbbebbebbeebeebbbbbbbbebbebbebbbbeeebbebbeebbeebbeebbeebeeebeebeebbeebbebbbbebbbebbbebebee:    

queryA       768:CEEMVSGLFKQWMENPNNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWDFAWEQFRNATLVNEADKLRAALACSKELWILNRYLSYTLNPDLIRKQDATSTIISIT: 867
                :**     ** **  ** ************************* * ****  * ********* *****   ***** ***** * ****** ***  ** :
8jkt_C_1     769:CEKLAATLFAQWKKNPQNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWNFVWEQFLKAELVNEADKLRGALACSNQVWILNRFLSYTLDPNLIRKQDVTSTLSSIS: 868
SecStr          :HHHHHHHHHHHHHHSTTS  S HHHHHHHHHHHHHHS HHHHHHHHHHHHH  SHHHHHHHHHHGGG   HHHHHHHHHHTT TTTS GGGHHHHHHHHH:    
ExpBur          :beebbeebbeebeeeeeeeebebbbbebbbebbbeeeeeeebebbbebbeeeebebbbebbbebbbbbeeeebbebbbeebeeeeebebbbbbebbbebb:    

queryA       868:NNVIGQGLVWDFVQSNWKKLFNDYGGGSFSFSNLIQAVTRRFSTEYELQQLEQFKKDNEETGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLQWFTENS: 966
                : ** ** ************** *** ******************* ********** *  ***** ************** ******* *** ******:
8jkt_C_1     869:SNVVGQTLVWDFVQSNWKKLFQDYGTGSFSFSNLIQAVTRRFSTEFELQQLEQFKKNNMDTGFGSATRALEQALEKTKANLKWVKENKDVVLRWFTENS: 967
SecStr          :HSTTHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTTSSSHHHHHHHHHHTT  SHHHHHHHHHHHHHTTTT  GGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHT :    
ExpBur          :ebeebbebbbebbeeebeebeeebbeebebbbebbebbbebbbeeebbeebeebeeebeeeebbbbebbbebbbbebebbbebbeebeeebeebbeeee:

Input Residue Numbers for Focused Sites

ex) 2,15,123