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HOMCOS : 相同複合体の検索・モデリングサーバ

ヘテロ多量体のモデリング [Go to English page]

ヘテロ多量体のモデリング ２本のアミノ酸配列をクエリとして、そのヘテロ多量体の立体構造をホモロジーモデリングによって予測します

検索手続きの概要
二つのクエリタンパク質から、ヘテロ多量体の立体構造をモデリングするサービスです。サーバは、二本のクエリ配列について、PDBの全タンパク質(unitmol)に対して、配列相同性検索(blastp; Altschul et al., 1997)を実行し、二つの相同なタンパク質のリストを作成します。次に、一方が一つのクエリと相同で、もう一方がもう一つのクエリと相同であるような二量体あるいは多量体の立体構造があるかどうかチェックします。もし、こうした相同な多量体が見つかれば、複合体モデリングの鋳型として使うことができます。前の版のHOMCOSと異なり、新しいサーバでは二量体だけではなく、二つの鎖からなる多量体（例えばヘモグロビンのα鎖、β鎖による４量体）も扱うことができます。
クエリのアミノ酸配列を二つ入力する
クエリのタンパク質配列は以下の方法で入力することができます。
1. タンパク質データベースのID UniProtのIDあるいはAC, INSDC protein_id, RefSeq protein_idを入力することができます。
  
  database example
  
  UniProt ID CDK3_HUMAN [link]
  
  UniProt AC Q00526 [link]
  
  INSDC protein_id AAV40830.1 [link]
  
  RefSeq protein_id NP_001249.1 [link]
2. 一文字表記のアミノ酸配列例えば、"GIVEQCCASVCSLYQLENYCN"など。
3. PDB_ID + CHAIN_ID 例えば PDB_ID="2ins" CHAIN_ID="A"など。
4. PDBファイルのアップロード
入力にあたっての注意事項
- HOMCOSでは、タンパク質名、遺伝子名、キーワードなどからタンパク質を検索する機能はありません。そういった文字列検索は、UniProtなどの別のサイトで行い、タンパク質のIDかアミノ酸配列を入手してから、HOMCOSに入力してください。
- Human/Mouse/Ratの配列については、UniProtのIDかACの入力をおすすめします。これらの配列についてのBLAST検索は事前に行い収納してあるため、早く検索結果を提示できます。
- 立体構造をクエリとした場合は、その立体構造を生かした鋳型ベースのドッキングを行うことができます。
検索結果

以下にCDK5_HUMANとCCNB1_HUMANをクエリとして指定した場合の、hetero modeling サービスの検索結果を示します。
このページは、二つのクエリ(クエリAとクエリB)についての、配列相同性検索(blastp)の結果を左右に並べて表示しています。左の淡い赤のバーは、クエリタンパク質Aのアラインメントされた領域を示しており、右の淡い青のバーは、クエリタンパク質Bのアラインメントされた領域を示しています。濃い赤と青のボックス( と )は、コンタクトしている残基を示しています。
左端にある3Dのアイコンの一つをクリックすると, 以下のような３Dモデルウィンドウが表示されます。
3Dモデル表示の使い方については、別項に説明があります。

ご質問・お問い合わせ:

database	example
UniProt ID	CDK3_HUMAN [link]
UniProt AC	Q00526 [link]
INSDC protein_id	AAV40830.1 [link]
RefSeq protein_id	NP_001249.1 [link]