1. PDBの３文字の化合物コード
   PDBではすべての化合物に３文字のコードを割り当てています。例えば、"ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE"は"ATP", "BETA-D-GALACTOSE"は"GAL", "Gefitinib"は"IRE"というコードが割り当てられています。分子と３文字表記の対応は、Ligand ExpoやPDBj Chemie searchで調べることができます。
2. SMILES文字列
   SMILESによる文字列表記は、化学構造をコピー＆ペーストで入力したいときに便利です。多くの化合物データベースがSMILES表記を提供しています。SMILESでは、グリシンは"NCC(=O)O",フェニルアラニンは"OC(C(Cc1ccccc1)N)=O"となります。詳細はwikiなどを参照してください。
3. 化合物ファイルのアップロード
   ユーザーが用意した化合物構造のファイルをアップロードすることもできます。SDF, MOL, MOL2, PDBの形式に対応しています。

ここでは、カラゾロール(PDBの三文字表記:CAU)をクエリにした場合の検索結果を示します。カラゾロールはβ2アドレナリン受容体の部分逆アゴニストです。１-2分の計算のあと、以下のようなクエリと類似した化合物が１２個まで表示されます。これらのうち、その結合タンパク質を調べたい化合物を、ラジオボタンを選択して選んでください。ここで、表示されるTanimotoは、対応づけをした原子の割合で、0から1の値になります。ここでは、Tanimotoが0.7以上の六つの化合物にチェックを入れます。最後に、をクリックします。

すると、以下のような、選択した六つ化合物のどれかと結合しているタンパク質の一覧が表示されます。予想どおり、β1とβ2のアドレナリン受容体がリストに含まれます。意外なことに、exoglucanse 1 (SNP, XX6, XX7)と lactotransferrin (RNP)の二つの酵素が、carazololと似た化合物と結合することがわかります。これらの酵素は、もしかるすと、カラゾロールを結合するかもしれません。

3Dのアイコン の一つをクリックすると, 以下のように３Dモデルが表示されます。以下にβ2アドレナリン受容体とCAUの立体構造、EXEGLUCANASE 1とSNPの立体構造を示します。

β2アドレナリン受容体とカラゾロール分子(CAU)の立体構造。

EXEGLUCANASE 1とプロパノロール(SNP)の立体構造