Protein Model on 5lds_D_1_MA_1 (TEMPLATE: 5lds )

CurrentView:HTML5 Change to:[JAVA] DOWNLOAD:
[sequence-replaced 3D model] [for PyMOL]
[3D template]
[Modeller script]

ALL MOLECULES IN THE BIOLOGICAL UNIT:
[assembly_id:2]

Window size :
[small] [medium] [large]

[help]


MOLECULES contact sites
model mark query asym_id oper
(auth_asym_id)
type description a(query A)
1 a A(AMPN_HUMAN) D 1 (D) polymer(polypeptide(L)) [898 aa] Aminopeptidase N :AMPN_PIG
2 b MA 1 (D) non-polymer(NAG) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 291E(N) (identity: 0.0 %/79.5 %)
ALIGNMENTS
MODEL[1] Protein A "queryA" TEMPLATE:5lds_D_1 identity=79.5%
queryA        67:QSKAWNRYRLPNTLKPDSYRVTLRPYLTPNDRGLYVFKGSSTVRFTCKEATDVIIIHSKKLNYTLSQGHRVVLRGVGGSQPPDIDKTELVEPTEYLVVHL: 166
                :*** ******* ** **** **********  *** *** * *** * * **************    * ******* ** * ** ***** ********:
5lds_D_1      45:QSKPWNRYRLPTTLLPDSYNVTLRPYLTPNADGLYIFKGKSIVRFICQEPTDVIIIHSKKLNYTXXX-HMVVLRGVGDSQVPEIDRTELVELTEYLVVHL: 143
SecStr          :  SGGGSSS  SSEEEEEEEEEEEEE S  TTS  EEEEEEEEEEEESS  SEEEEE  S EE ----   EEEE TT     EEEEEEETTTTEEEEEE:    
ExpBur          :eeeebeeeebeebbebebbebebbbebeeeeeeebbbebebebebebeeebebbbbbbbebebe----eebebeeeeebeebebeebeebeebbbbbbbb:    

queryA       167:KGSLVKDSQYEMDSEFEGELADDLAGFYRSEYMEGNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALSNMLPKGPSTPLPEDPNWNV: 266
                :****     *** *** ******************** ** ******  **************** ********  ******* *** **** ***** *:
5lds_D_1     144:KGSLQPGHMYEMESEFQGELADDLAGFYRSEYMEGNVKKVLATTQMQSTDARKSFPCFDEPAMKATFNITLIHPNNLTALSNMPPKGSSTPLAEDPNWSV: 243
SecStr          :SS   TTEEEEEEEEEEEE  SSSSEEEEEEEEETTEEEEEEEEE TTTTGGGTS B  STTS BEEEEEEEEETTSEEEESS BSS  EEETTEEEEEE:    
ExpBur          :eeebeeeeebebebebebebbeebbbbbbbebeeeeeebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbebebbbbbeeebebbbbbeeeeeeeebeeeeebbe:    

queryA       267:TEFHTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPSAIAAGHGDYALNVTGPILNFFAGHYDTPYPLPKSDQIGLPDFNAGAMENWGLVTYRENS: 366
                :*** *** ******* *****  *   * *********** *** *** ************** ** * ********* ******************** :
5lds_D_1     244:TEFETTPVMSTYLLAYIVSEFQSVNETAQNGVLIRIWARPNAIAEGHGMYALNVTGPILNFFANHYNTSYPLPKSDQIALPDFNAGAMENWGLVTYRENA: 343
SecStr          :EEB    SB GGG  EEEE  EEEEEE TTS EEEEEE HHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTT    SSEEEEEEESS SSSEE  TTEEEEEGGG:    
ExpBur          :bebeebbebbbbbbbbbbbebeeeeeebeeebebebbbbbebbeeebbebbbebbbebbbbbbebbebebebebbbbbbbbbbeeebbbbbbbbbbbbbb:    
Contact         :                        b                                                                           

queryA       367:LLFDPLSSSSSNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTIEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINTPA: 466
                :***** *** ************************  ********************* ********** *  ***************** *** * ****:
5lds_D_1     344:LLFDPQSSSISNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTLAWWNDLWLNEGFASYVEYLGADHAEPTWNLKDLIVPGDVYRVMAVDALASSHPLTTPAEEVNTPA: 443
SecStr          :T   TTTS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTTEEESSGGGTHHHHHHHHHHHHHHHHHH GGG GGGGHHHHTHHHHHHHHTSTT   SS  GGG  SHH:    
ExpBur          :bbbbeeebbbebebebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbeeebeebebeebbbbebbbebbeebbbbbbbbbbbeeeebebbe:    

queryA       467:QISELFDAISYSKGASVLRMLSSFLSEDVFKQGLASYLHTFAYQNTIYLNLWDHLQEAVNNR-SIQLPTTVRDIMNRWTLQMGFPVITVDTSTGTLSQEH: 565
                :**** ** ********* **** ** ** ** ******* ****** ** ** *** **    ** ** *** ** *************** **  ** *:
5lds_D_1     444:QISEMFDSISYSKGASVIRMLSNFLTEDLFKEGLASYLHAFAYQNTTYLDLWEHLQKAVDAQTSIRLPDTVRAIMDRWTLQMGFPVITVDTKTGNISQKH: 543
SecStr          :HHHHTSSHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHTTEEE HHHHHHHHHHHHHT SSS  SS HHHHHHHHHSS   EEEEEETTTTEEEEEE:    
ExpBur          :ebbbbbebbbbbbbbbbbbbbbebbebebbeebbbebbeebeeeebebeebbebbbebbeeeeeeeeeeebeebbbbbbebbbbbbbebebeebebebeb:    

queryA       566:FLLDPDSNVTRPSEFNYVWIVPITSIRDGRQQQDYWLIDV-RAQNDLFSTSGNEWVLLNLNVTGYYRVNYDEENWRKIQTQLQRDHSAIPVINRAQIIND: 664
                :****  ***** * * * ***** **  *  *  *** **  ****** *    ***** *****  ***** *** ** ***   * ******** * *:
5lds_D_1     544:FLLDSESNVTRSSAFDYLWIVPISSIKNGVMQDHYWLRDVSQAQNDLFKTASDDWVLLNVNVTGYFQVNYDEDNWRMIQHQLQTNLSVIPVINRAQVIYD: 643
SecStr          :  S SS    S  TTTT   EEE EEETTEE   EEE S SEEE GGG   TT  EEESGGG SS EEEE HHHHHHHHHHHHHHGGGS HHHHHHHHHH:    
ExpBur          :bbbeeebeeeeebebebbbbbbbbbbeeeeebeebbbeeeeeeeeebbebeeeebbbbbbebbbbbbbbbbeebbeebeebbeeebeebeebbbbbbbbb:    

queryA       665:AFNLASAHKVPVTLALNNTLFLIEERQYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLKKQVTPLFIHFRNNTNNWREIPENLMDQYSEVNAISTACSNG: 764
                : **** ** ******* *****  *  **** ********* ************* ** *** *** **   * ** * ********** **********:
5lds_D_1     644:SFNLATAHMVPVTLALDNTLFLNGEKEYMPWQAALSSLSYFSLMFDRSEVYGPMKKYLRKQVEPLFQHFETLTKNWTERPENLMDQYSEINAISTACSNG: 743
SecStr          :HHHHHHTTSS HHHHHHTTGGGGG   HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTS  SSHHHHHHHHHHHHHHHHTT:    
ExpBur          :bbebbbbeebebebbbebbebbeebeebbbbbbbeebbebbebbbbeeebeebbeebbeebbeebbeebeeebeebeebbeebbebbbbbbbbebbbebe:    

queryA       765:VPECEEMVSGLFKQWMENPNNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWDFAWEQFRNATLVNEADKLRAALACSKELWILNRYLSYTLNPDLIRKQDATSTII: 864
                : * **     ** ***  * *********** *********   ***** *   * ********* ***** * * ***** ***************** :
5lds_D_1     744:LPQCENLAKTLFDQWMSDPENNPIHPNLRSTIYCNAIAQGGQDQWDFAWGQLQQAQLVNEADKLRSALACSNEVWLLNRYLGYTLNPDLIRKQDATSTIN: 843
SecStr          : HHHHHHHHHHHHHHHTSTTS  S GGGHHHHHHHHHHHS HHHHHHHHHHHHT S HHHHHHHHHHHTT S HHHHHHHHHHTT TTTS HHHHHHHHH:    
ExpBur          :beebeebbeebbeebeeeeeeeebebbbbebbbebbbeeeeeebbebbbebbeeeebbbbbbbbbebbbbbeeeebbeebbeebeeeeebebbbbbebbb:    

queryA       865:SITNNVIGQGLVWDFVQSNWKKLFNDYGGGSFSFSNLIQAVTRRFSTEYELQQLEQFKKDNEETGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLQWFTE: 964
                :**  ***** * ************ ************** ****** * ********** *   ******************************* ** *:
5lds_D_1     844:SIASNVIGQPLAWDFVQSNWKKLFQDYGGGSFSFSNLIQGVTRRFSSEFELQQLEQFKKNNMDVGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLNWFIE: 943
SecStr          :HHHHSTTHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTT SSHHHHHHHHHHTT  SHHHHHHHHHHHHHTTTT  GGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH:    
ExpBur          :ebbebeebbebbbebbeeebeebeeebbeebebbeebbebbbebbbeeebbeebeebbeeeeeeebebbebbbebbbbebebbbebbeebeeebbebbee:    

queryA       965:NS: 966
                : *:
5lds_D_1     944:HS: 945
SecStr          :T :    
ExpBur          :be:    


Input Residue Numbers for Focused Sites

ex) 2,15,123