Protein Model on 5lds_C_2_IA_2 (TEMPLATE: 5lds )

CurrentView:HTML5 Change to:[JAVA] DOWNLOAD:
[sequence-replaced 3D model] [for PyMOL]
[3D template]
[Modeller script]

ALL MOLECULES IN THE BIOLOGICAL UNIT:
[assembly_id:2]

Window size :
[small] [medium] [large]

[help]


MOLECULES contact sites
model mark query asym_id oper
(auth_asym_id)
type description a(query A)
1 a A(AMPN_HUMAN) C 2 (C) polymer(polypeptide(L)) [899 aa] Aminopeptidase N :AMPN_PIG
2 b IA 2 (C) non-polymer(NAG) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 649D(N) 651S 652A(V) (identity: 33.3 %/79.6 %)
ALIGNMENTS
MODEL[1] Protein A "queryA" TEMPLATE:5lds_C_2 identity=79.6%
queryA        66:DQSKAWNRYRLPNTLKPDSYRVTLRPYLTPNDRGLYVFKGSSTVRFTCKEATDVIIIHSKKLNYTLSQGHRVVLRGVGGSQPPDIDKTELVEPTEYLVVH: 165
                :**** ******* ** **** **********  *** *** * *** * * **************    * ******* ** * ** ***** *******:
5lds_C_2      44:DQSKPWNRYRLPTTLLPDSYNVTLRPYLTPNADGLYIFKGKSIVRFICQEPTDVIIIHSKKLNYTXXX-HMVVLRGVGDSQVPEIDRTELVELTEYLVVH: 142
SecStr          : TTSGGGSSS  SSEEEEEEEEEEEE  S  TTS  EEEEEEEEEEEESS  SEEEEE  S EE ----  EEEEESTT     EEEEEEETTTTEEEEE:    
ExpBur          :eeeeebeeeebeebbebebbebebebebeeeeeeebbbebebbbebebeeebebbbbbbeebebe----eebebeeeeebeebebeebeebeebbbbbbb:    

queryA       166:LKGSLVKDSQYEMDSEFEGELADDLAGFYRSEYMEGNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALSNMLPKGPSTPLPEDPNWN: 265
                :*****     *** *** ******************** ** ******  **************** ********  ******* *** **** ***** :
5lds_C_2     143:LKGSLQPGHMYEMESEFQGELADDLAGFYRSEYMEGNVKKVLATTQMQSTDARKSFPCFDEPAMKATFNITLIHPNNLTALSNMPPKGSSTPLAEDPNWS: 242
SecStr          :ESS   TT EEEEEEEEEEE  SSSSEEEEEEEEETTEEEEEEEEE TTTTGGGTS B   TTS BEEEEEEEEETTSEEEESS BSS  EEETTEEEEE:    
ExpBur          :beeebeeeeebebbbebebebbeebbbbbbbebeeeeeebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbebebbbbbeeebebbbbbeeeeeeeebeeeeebb:    

queryA       266:VTEFHTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPSAIAAGHGDYALNVTGPILNFFAGHYDTPYPLPKSDQIGLPDFNAGAMENWGLVTYREN: 365
                :**** *** ******* *****  *   * *********** *** *** ************** ** * ********* ********************:
5lds_C_2     243:VTEFETTPVMSTYLLAYIVSEFQSVNETAQNGVLIRIWARPNAIAEGHGMYALNVTGPILNFFANHYNTSYPLPKSDQIALPDFNAGAMENWGLVTYREN: 342
SecStr          :EEEB    SB GGG  EEEE  EEEEEE TTS EEEEEE HHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTT    SSEEEEEEESS SSSEE  TTEEEEEHH:    
ExpBur          :ebebeebbebbbbbbbbbbbebeeeeeebeeebebebbbbbebbeeebbebbbebbbebbbbbbebbebebebebbbbbbbbbbebebbbbbbbbbbbbb:    

queryA       366:SLLFDPLSSSSSNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTIEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINTP: 465
                : ***** *** ************************  ********************* ********** *  ***************** *** * ***:
5lds_C_2     343:ALLFDPQSSSISNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTLAWWNDLWLNEGFASYVEYLGADHAEPTWNLKDLIVPGDVYRVMAVDALASSHPLTTPAEEVNTP: 442
SecStr          :HH   TTTS HHHHHHHHHHHHHHHHHHHBTTTEEESSGGGTHHHHHHHHHHHHHHHHHH TTS GGGGHHHHTHHHHHHHHTSTT   SS  GGG  SH:    
ExpBur          :bbbbeeeebbbebebebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbeeebeebebeebbbbebbbebbeebbbbebbbbbbeeeebeeb:    

queryA       466:AQISELFDAISYSKGASVLRMLSSFLSEDVFKQGLASYLHTFAYQNTIYLNLWDHLQEAVNNR-SIQLPTTVRDIMNRWTLQMGFPVITVDTSTGTLSQE: 564
                :***** ** ********* **** ** ** ** ******* ****** ** ** *** **    ** ** *** ** *************** **  ** :
5lds_C_2     443:AQISEMFDSISYSKGASVIRMLSNFLTEDLFKEGLASYLHAFAYQNTTYLDLWEHLQKAVDAQTSIRLPDTVRAIMDRWTLQMGFPVITVDTKTGNISQK: 542
SecStr          :HHHHHTSSHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHTTEEE HHHHHHHHHHHHHT SSS  SS HHHHHHHHHSS   EEEEEETTTTEEEEE:    
ExpBur          :eebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbebebbeebbbebbeebeeeebebeebbebbbebbeeeeebeeeeebeebbbbbbebbbbbbbebebeebebebe:    

queryA       565:HFLLDPDSNVTRPSEFNYVWIVPITSIRDGRQQQDYWLIDV-RAQNDLFSTSGNEWVLLNLNVTGYYRVNYDEENWRKIQTQLQRDHSAIPVINRAQIIN: 663
                :*****  ***** * * * ***** **  *  *  *** **  ****** *    ***** *****  ***** *** ** ***   * ******** * :
5lds_C_2     543:HFLLDSESNVTRSSAFDYLWIVPISSIKNGVMQDHYWLRDVSQAQNDLFKTASDDWVLLNVNVTGYFQVNYDEDNWRMIQHQLQTNLSVIPVINRAQVIY: 642
SecStr          :E  S TT    S  TTTT   EEE EEETTEE   EEE SSSEEE GGG   TT  EEESGGG SS EEEE HHHHHHHHHHHHHHGGGS HHHHHHHHH:    
ExpBur          :bbebbeeeeeeeebeeebebbbbbbbbeeeeebeebbbeeeeeeeeebbebeeeebbbbbbebbbbbbbbbbeebbeebeebbeeebeebeebbbbbbbb:    
Contact         :                                                                                     b bb           

queryA       664:DAFNLASAHKVPVTLALNNTLFLIEERQYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLKKQVTPLFIHFRNNTNNWREIPENLMDQYSEVNAISTACSN: 763
                :* **** ** ******* *****  *  **** ********* ************* ** *** *** **   * ** * ********** *********:
5lds_C_2     643:DSFNLATAHMVPVTLALDNTLFLNGEKEYMPWQAALSSLSYFSLMFDRSEVYGPMKKYLRKQVEPLFQHFETLTKNWTERPENLMDQYSEINAISTACSN: 742
SecStr          :HHHHHHHTTSS HHHHHHTTGGGGG   HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTS  SSHHHHHHHHHHHHHHHHT:    
ExpBur          :bbbebbbbeebebebbbebbebbeebeebbbbbbbbebbebbebbbbeeebeebbeebbeebbeebbeebeeebeebeebbeebbebbbbbbbbebbbeb:    

queryA       764:GVPECEEMVSGLFKQWMENPNNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWDFAWEQFRNATLVNEADKLRAALACSKELWILNRYLSYTLNPDLIRKQDATSTI: 863
                :* * **     ** ***  * *********** *********   ***** *   * ********* ***** * * ***** *****************:
5lds_C_2     743:GLPQCENLAKTLFDQWMSDPENNPIHPNLRSTIYCNAIAQGGQDQWDFAWGQLQQAQLVNEADKLRSALACSNEVWLLNRYLGYTLNPDLIRKQDATSTI: 842
SecStr          :T HHHHHHHHHHHHHHHHSTTS  S HHHHHHHHHHHHHHS HHHHHHHHHHHHT   HHHHHHHHHHHTT S HHHHHHHHHHTT TTTS GGGHHHHH:    
ExpBur          :ebeebeebbeebbeebeeeeeeeebebbbbebbbebbbeeeeeebbebbbebbeeeebbbbbbbbbebbbbbeeeebbeebbeebeeeeebeebbbbebb:    

queryA       864:ISITNNVIGQGLVWDFVQSNWKKLFNDYGGGSFSFSNLIQAVTRRFSTEYELQQLEQFKKDNEETGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLQWFT: 963
                : **  ***** * ************ ************** ****** * ********** *   ******************************* ** :
5lds_C_2     843:NSIASNVIGQPLAWDFVQSNWKKLFQDYGGGSFSFSNLIQGVTRRFSSEFELQQLEQFKKNNMDVGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLNWFI: 942
SecStr          :HHHHHSTTHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHSSSSSHHHHHHHHHHTT  SHHHHHHHHHHHHHTTTT  GGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH:    
ExpBur          :bebbebeebbebbbebbeeebeebeeebbeebebbeebbebbbebbbeeebbeebeebeeeeeeebbbbbebbbebbbbebebbbebbeebeeebbebbe:    

queryA       964:ENS: 966
                :* *:
5lds_C_2     943:EHS: 945
SecStr          :HT :    
ExpBur          :eee:    


Input Residue Numbers for Focused Sites

ex) 2,15,123