Protein Model on 5lds_A_1_U_1 (TEMPLATE: 5lds )

CurrentView:HTML5 Change to:[JAVA] DOWNLOAD:
[sequence-replaced 3D model] [for PyMOL]
[3D template]
[Modeller script]

ALL MOLECULES IN THE BIOLOGICAL UNIT:
[assembly_id:1]

Window size :
[small] [medium] [large]

[help]


MOLECULES contact sites
model mark query asym_id oper
(auth_asym_id)
type description a(query A)
1 a A(AMPN_HUMAN) A 1 (A) polymer(polypeptide(L)) [900 aa] Aminopeptidase N :AMPN_PIG
2 b U 1 (A) non-polymer(NAG) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 100L 128N 183E(Q) 184G 185E (identity: 80.0 %/79.6 %)
ALIGNMENTS
MODEL[1] Protein A "queryA" TEMPLATE:5lds_A_1 identity=79.6%
queryA        65:LDQSKAWNRYRLPNTLKPDSYRVTLRPYLTPNDRGLYVFKGSSTVRFTCKEATDVIIIHSKKLNYTLSQGHRVVLRGVGGSQPPDIDKTELVEPTEYLVV: 164
                :***** ******* ** **** **********  *** *** * *** * * **************    * ******* ** * ** ***** ******:
5lds_A_1      43:LDQSKPWNRYRLPTTLLPDSYNVTLRPYLTPNADGLYIFKGKSIVRFICQEPTDVIIIHSKKLNYTXXX-HMVVLRGVGDSQVPEIDRTELVELTEYLVV: 141
SecStr          :  TTSGGGSSS  SSEEEEEEEEEEEEE S  TTS  EEEEEEEEEEEESS  SEEEEE  S EE ----   EEEE TT     EEEEEEETTTTEEEE:    
ExpBur          :eeeeeebbeeebeebbebebbebebebbbeeeeeeebbbebebebebebeeebebbbbbbeebebe----eebebeeeeebeebebeebeebeebbbbbb:    
Contact         :                                   b                           b                                    

queryA       165:HLKGSLVKDSQYEMDSEFEGELADDLAGFYRSEYMEGNVRKVVATTQMQAADARKSFPCFDEPAMKAEFNITLIHPKDLTALSNMLPKGPSTPLPEDPNW: 264
                :******     *** *** ******************** ** ******  **************** ********  ******* *** **** *****:
5lds_A_1     142:HLKGSLQPGHMYEMESEFQGELADDLAGFYRSEYMEGNVKKVLATTQMQSTDARKSFPCFDEPAMKATFNITLIHPNNLTALSNMPPKGSSTPLAEDPNW: 241
SecStr          :EESS   TT EEEEEEEEEEE  SSSSEEEEEEEEETTEEEEEEEEE TTTTGGGTS B   TT  BEEEEEEEEETTSEEEESS BSS  EEETTEEEE:    
ExpBur          :bbeeebeeeeebebebebebebbeebbbbbbbebeeeeeebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbebebbbbbeeebebbbbbeeeeeeeebeeeeeb:    
Contact         :                  bbb                                                                               

queryA       265:NVTEFHTTPKMSTYLLAFIVSEFDYVEKQASNGVLIRIWARPSAIAAGHGDYALNVTGPILNFFAGHYDTPYPLPKSDQIGLPDFNAGAMENWGLVTYRE: 364
                : **** *** ******* *****  *   * *********** *** *** ************** ** * ********* *******************:
5lds_A_1     242:SVTEFETTPVMSTYLLAYIVSEFQSVNETAQNGVLIRIWARPNAIAEGHGMYALNVTGPILNFFANHYNTSYPLPKSDQIALPDFNAGAMENWGLVTYRE: 341
SecStr          :EEEEB    SB GGG  EEEE  EEEEEE TTS EEEEEE HHHHHTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTT    SSEEEEEEESS SSSEE  TTEEEEEG:    
ExpBur          :bebebeebbebbbbbbbbbbbebeeeeeebeeebebbbbbbbebbeeebbebbbebbbebbbbbbebbebebebebbbbbbbbbbebebbbbbbbbbbbb:    

queryA       365:NSLLFDPLSSSSSNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTIEWWNDLWLNEGFASYVEYLGADYAEPTWNLKDLMVLNDVYRVMAVDALASSHPLSTPASEINT: 464
                :* ***** *** ************************  ********************* ********** *  ***************** *** * **:
5lds_A_1     342:NALLFDPQSSSISNKERVVTVIAHELAHQWFGNLVTLAWWNDLWLNEGFASYVEYLGADHAEPTWNLKDLIVPGDVYRVMAVDALASSHPLTTPAEEVNT: 441
SecStr          :GGT   TTTS HHHHHHHHHHHHHHHHTTTBTTTEEESSGGGTHHHHHHHHHHHHHHHHHH GGG GGGGHHHHTHHHHHHHHTSTT   SS  GGG  S:    
ExpBur          :bbbbbbeeebbbebebebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbebbbbbbbbbbbbbbbbbbbbeeebeebebeebbbbebbbebbeebbbbebbbbbbeeeebeb:    

queryA       465:PAQISELFDAISYSKGASVLRMLSSFLSEDVFKQGLASYLHTFAYQNTIYLNLWDHLQEAVNNR-SIQLPTTVRDIMNRWTLQMGFPVITVDTSTGTLSQ: 563
                :****** ** ********* **** ** ** ** ******* ****** ** ** *** **    ** ** *** ** *************** **  **:
5lds_A_1     442:PAQISEMFDSISYSKGASVIRMLSNFLTEDLFKEGLASYLHAFAYQNTTYLDLWEHLQKAVDAQTSIRLPDTVRAIMDRWTLQMGFPVITVDTKTGNISQ: 541
SecStr          :HHHHHHTSSHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHTTEEE HHHHHHHHHHHHHT SSS  SS HHHHHHHHHSS S EEEEEETTTTEEEE:    
ExpBur          :beebbbbbebbbbbbbbbbbbbbbebbebebbeebbbebbeebeeeebebeebbebbeebbeeeeeeeeeeebeebbbbbbebbbbbbbebebeebebeb:    

queryA       564:EHFLLDPDSNVTRPSEFNYVWIVPITSIRDGRQQQDYWLIDV-RAQNDLFSTSGNEWVLLNLNVTGYYRVNYDEENWRKIQTQLQRDHSAIPVINRAQII: 662
                : *****  ***** * * * ***** **  *  *  *** **  ****** *    ***** *****  ***** *** ** ***   * ******** *:
5lds_A_1     542:KHFLLDSESNVTRSSAFDYLWIVPISSIKNGVMQDHYWLRDVSQAQNDLFKTASDDWVLLNVNVTGYFQVNYDEDNWRMIQHQLQTNLSVIPVINRAQVI: 641
SecStr          :EE  S SS    S  TTTT   EEE EEETTEE   EEE SSSEEE GGG   TT  EEESGGG SS EEEE HHHHHHHHHHHHHHGGGS HHHHHHHH:    
ExpBur          :ebbebeeeeeeeeebebebebbbbbbbbeeeeebeebbbeeeeebeeeebebeeeebbbbbbebbbbbbbbbbeebbeebeebbeeebeebeebbbbbbb:    

queryA       663:NDAFNLASAHKVPVTLALNNTLFLIEERQYMPWEAALSSLSYFKLMFDRSEVYGPMKNYLKKQVTPLFIHFRNNTNNWREIPENLMDQYSEVNAISTACS: 762
                : * **** ** ******* *****  *  **** ********* ************* ** *** *** **   * ** * ********** ********:
5lds_A_1     642:YDSFNLATAHMVPVTLALDNTLFLNGEKEYMPWQAALSSLSYFSLMFDRSEVYGPMKKYLRKQVEPLFQHFETLTKNWTERPENLMDQYSEINAISTACS: 741
SecStr          :HHHHHHHHTTSS HHHHHHTTGGGGG  SHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTS  SSHHHHHHHHHHHHHHHH:    
ExpBur          :bbbbebbbbeebebebbbebbebbeebeebbbbbbbbebbebbebbbbeeebeeebeebbeebbeebbeebeeebeebeebbeebbebbbbbbbbebbbe:    

queryA       763:NGVPECEEMVSGLFKQWMENPNNNPIHPNLRSTVYCNAIAQGGEEEWDFAWEQFRNATLVNEADKLRAALACSKELWILNRYLSYTLNPDLIRKQDATST: 862
                :** * **     ** ***  * *********** *********   ***** *   * ********* ***** * * ***** ****************:
5lds_A_1     742:NGLPQCENLAKTLFDQWMSDPENNPIHPNLRSTIYCNAIAQGGQDQWDFAWGQLQQAQLVNEADKLRSALACSNEVWLLNRYLGYTLNPDLIRKQDATST: 841
SecStr          :TT HHHHHHHHHHHHHHHTSTTS  S GGGHHHHHHHHHHHS HHHHHHHHHHHHH S HHHHHHHHHHHTT   HHHHHHHHHHTT TTTS GGGHHHH:    
ExpBur          :bebeebeebbeebbeebeeeeeeeebebbbbebbbebbbeeeeeebbebbbebbeeeebbbbbbbbbebbbbbeeeebbeebbeebbeeeebebbbbbeb:    

queryA       863:IISITNNVIGQGLVWDFVQSNWKKLFNDYGGGSFSFSNLIQAVTRRFSTEYELQQLEQFKKDNEETGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLQWF: 962
                :* **  ***** * ************ ************** ****** * ********** *   ******************************* **:
5lds_A_1     842:INSIASNVIGQPLAWDFVQSNWKKLFQDYGGGSFSFSNLIQGVTRRFSSEFELQQLEQFKKNNMDVGFGSGTRALEQALEKTKANIKWVKENKEVVLNWF: 941
SecStr          :HHHHHHSTTHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHTT SSHHHHHHHHHHTT  SHHHHHHHHHHHHHTTTT  GGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH:    
ExpBur          :bbebbebeebbebbbebbeeebeebeeebbeebebbeebbebbbebbbeeebbeebeebeeebeeebbebbebbbebbbbebebbbebbeebeeebbebb:    

queryA       963:TENS: 966
                : * *:
5lds_A_1     942:IEHS: 945
SecStr          :HHH :    
ExpBur          :eebe:    


Input Residue Numbers for Focused Sites

ex) 2,15,123